Varhanní oddělení umožňuje žákům výuku hry na píšťalové varhany. Výuka je uskutečňována na varhanách firmy Rieger-Kloss v koncertním sále v budově školy na Hlavním náměstí. Samotná výuka probíhá individuální formou jednou týdně. Na varhany může začít hrát žák po předchozí klavírní průpravě, ale také začátečník. Podmínkou přijetí je kromě hudebních předpokladů i fyzická vyspělost žáka, a to především jeho dostatečná výška. Výuka se zaměřuje na zvládnutí základní prstové a pedálové techniky a rozvoj rytmických a interpretačních schopností žáka, a to s použitím vhodných klasických varhanních skladeb. Repertoár je vybírán dle schopností a dovedností každého žáka individuálně. Do výuky je možné začlenit také repertoár duchovních skladeb interpretovaných při bohoslužbách, a to dle zájmu a profilace žáka. Pro dobré zvládnutí varhanní hry je potřebná vhodná varhanní obuv.